Anders als andere Organisationen in der privaten Mittelmeerseenotrettung betreibt Sea-Watch eine starke Spendenkampagne, die vom Schatzmeister und Angestelltem der Hoffnungstaler Stiftung Lobetal, eine Einrichtung der Diakonie, betrieben wird. Größere Spenden sind dementsprechend – neben kleinen Privatspenden – von den deutschen Kirchen aus dem Aufkommen der Kirchensteuer eingegangen.